Bom, então, sendo assim, como de praxe nesse tipo de carro, procure passar algum scanner nele, verificando assim possíveis erros na memória. Acho que até um desses leitores bluetooth (conectam na entrada OBD2) q vc encontra no ML pode ajudar, caso vc não conheça alguém de confiança por aí (apesar de haver vários confrades nessa região do país). Comprei um pra mim e testei hj na minha bimmer. Via bluetooth os dados aparecem no celular/tab. É bem legal. Vc leva um desses, um celular e pronto, pode ter uma ideia de como anda a "alma" do carro. Só ressaltando que nada disso substitui um profissional experiente e de confiança, caso sejam necessárias algumas verificações mais específicas e profundas.
Outra coisa muito comum nessas E46 é o acabamento emborrachado do painel/console central ficar descascado. Nessas peças é utilizada uma "soft-paint" que, com o passar do tempo (e calor), vai descascando. Procure andar no carro, ou pedir pra alguém de confiança andar pra vc. Veja se as trocas do câmbio estão suaves, comportamento do motor, aperte todos os botões do carro, pra ver se funcionam. Tem as clássicas verificações de fluidos, possíveis vazamentos, docs e afins que valem pra qqr carro.
Olhe embaixo do carro, procure verificar se as buchas de suspensão estão OK. Muitas vezes as suspensões das bimmers sofrem com os nossos tapetes hehehe. O mesmo vale para os outros componentes da suspensão... Uma peça que vários confrades já precisaram trocar (em vários modelos) foi a bucha do diferencial. Nesse modelo, ela fica situada ao lado esquerdo do diferencial, em posição "deitada", ie, paralela ai eixo traseiro (enquanto que as outras ficam em posição vertical ). Qdo ela começa a pedir arrego, vc sente uns trancos nas trocas de marcha, devido ao movimento do diferencial que a bucha não amortece 100% como deveria. Esses trancos vêm do porta-malas, caso ocorram devido a esse motivo.
No mais é isso... tem tb um tópico de guia de compra das E46 aqui no fórum com mais infos importantes. Acho que fica na seção manutenção ou a de consultoria. Só um último detalhe, o preço... eu acredito até que paguei caro pelo meu (em contrapartida, peguei um produto em mt bom estado e numa negociação "relâmpago" e 100% transparente), mas menos de 30k numa E46 acho estranho. Pode não ter absolutamente nada de anormal, mas não custa ficar mais atento na inspeção do carro.
Boa sorte na procura e qqr coisa estamos aí!