Que bom que resolveu, ia chutar o sensor de rotação mesmo pelos sintomas.
Fiz o mesmo swap que você, coloquei um m52 no lugar do m50 na minha 325i 93, e continuei usando modulo de injeção e chicote da 325, coloquei apenas bicos da 328 e bobinas, e o funcionamento está muito bom. Quero instalar uma wide pra ver como ficou a mistura, meu carro está com um chip de potência da dinan performance e estou sentindo ele muito forte (andando mais que uma 328i manual).
Abraços